1、体格检查：
观察有无全身感染的体征、神经系统疾病的征象和代谢性疾病的迹象。
重点应注意腹部和神经系统体征。
2、辅助检查:
(1)鼻胃管检查
是一种简单有效的检查上消化道畸形的方法。
适用于：母亲羊水过多，或出生后短期内婴儿出现口吐螃蟹样泡沫
正常时鼻胃管能够顺利进入胃内，并抽出少量液体。若鼻胃管下降受阻或从口腔或鼻腔内折返回，则为食管闭锁。
(2)胃镜
特点：
①可对粘膜充血、溃疡、出血水肿、瘢痕肿瘤和先天畸形等情况进行直接的观察。
②由于需在全身麻醉，临床应用较少。
(3)X线检查
①钡餐或钡灌肠检查
特点：可以观察食管、胃和肠道的形态和功能
注意：
疑有胃肠道完全性梗阻或穿孔的新生儿禁用钡剂造影，
疑有食管闭锁或食管气管瘘者可用水溶性碘剂造影，并于造影后及时吸出。
②腹部透视和摄片
是新生儿呕吐时最常用的诊断方法。
采用立位透视和摄片或侧位水平投照法摄片，可更好地观察胀气的肠曲和液平。
(4)超声检查
对腹水的探查、腹部肿物部位和性质的诊断、腹腔内游离气体的存在等，都具有很高的敏感性和特异性。
特点：
不仅可以观察到胃肠道的某些改变，而且能直接观察肝胆系统、泌尿系统、循环系统等改变及其对消化道的影响。
对胆总管囊肿、肾上腺皮质增生症、新生儿坏死性小肠结肠炎等疾病的诊断方面都优于X线检查。