马桶底部漏水的原因：
1、马桶安装时就没装好，造成地面的排污口与马桶排污口径没对准。这样就会有黄水、水及臭味出来。
2、安装的不专业，没安装法兰盘(法兰有很好的固定及防溢作用)。
3、长期的使用适成马桶与地面的松动。
4、马桶座便器的本身问题，陶瓷有裂缝(少见)。
这以上几种原因就是造成马桶底部漏水的最直接原因，如果愿意自己动手要注意以下几点：
1、确认水箱内部水件安装正确且紧密。可在入水件底部和水箱交界部分用玻璃胶封闭。冲水件底部同样处理。
2、确认水箱同厕体连接处的胶圈足够有弹性，并且水箱同厕体连接够紧密。
3、将水箱和厕体之间的胶圈涂抹中性玻璃胶。
4、玻璃胶在施工前，请将施胶部分擦干。在施工后最好保持24小时不用水。
现在由于有了硅胶，所以很多马桶安装都省略了用膨胀螺栓固定，直接用粘结力较强的硅胶固定并且密封，用油灰密封的时间长了，会硬化造成开裂漏水，硅胶如果粘接前没有充分清洁，也容易产生局部漏水。
如果确定马桶没有开裂的话，那只要铲除马桶底部和结合处地砖的脏东西，并擦干，然后打一圈硅胶密封，记住需要停用马桶一个晚上。
如果你马桶底部是水泥地就麻烦了，因为往往硅胶很难粘住毛糙的水泥，这样需要重新做防水砂浆才能可靠的密封。