清洁完奶瓶之后，就要进行消毒了，一般婴儿奶瓶的消毒方式，可以分为煮沸法及蒸汽锅消毒法，其消毒方式及步骤如下：
一：煮沸消毒法
1、准备一个不锈钢的煮锅，里面装满了冷水，水的深度，要能完全覆盖所有已经清洗过的喂奶用具。（不锈钢锅须消毒奶瓶专用，不可与家中其他烹调食物混用）
2、等水烧开后5～10分钟再放入奶嘴、瓶盖等塑胶制品，盖上锅盖再煮3～5分钟后关火，等到水稍凉后，再用消毒过的奶瓶夹取出奶嘴、瓶盖，待干了之后再套回奶瓶上备用。若是塑胶的奶瓶，则要等水烧开之后，再将奶瓶、奶嘴、奶瓶盖一起放入锅中消毒，约再煮3～5分钟即可，最后以消毒过的奶瓶夹夹起所有的食具，并置于干净通风处，倒扣沥干。
3、要提醒的是，塑胶制成的食具，都不宜煮久，所以建议在水滚后再放入，煮3～5分钟即可，否则很容易变质。也可以注意奶瓶上的耐温标示，如果不耐高温最好使用蒸汽锅消毒。
二：蒸气锅消毒法
目前市面上有多种功能、品牌的电动蒸汽锅，家长可以依照自己的需要来选择，消毒的方式只需要遵照说明书操作，就可以达到消毒喂奶用具的目的。但需注意的是，使用蒸汽锅消毒前，仍先将所有的奶瓶、奶嘴、奶瓶盖等物品彻底清洗干净，然后再一起放入，按上开关，待其消毒完毕，会自动切断电源。
宝宝的奶瓶消毒完成后，应将留在瓶身内的水彻底倒净，之后倒扣沥干，并以消毒过的奶瓶夹，将消毒过的奶瓶、奶嘴、奶瓶盖等，夹放置通风、干净处放凉备用，并盖上纱布或盖子。此外，若于消毒24小时后仍旧没有使用奶瓶，就需重新进行一次消毒工作，以免细菌滋生。宝宝每次喝完奶后，妈妈可以先用奶瓶刷将奶瓶清洗干净，搜集放置于奶瓶架上晾干，待累积到一定的数量或消毒锅可容纳的大小，再一起进行消毒工作。所以妈妈一次必须准备很多支奶瓶，才足以应付宝宝一天所需。