引起脚指甲凹凸不平原因较多，一般来讲，首先应考虑是否为灰指甲。灰指甲的症状可表现为甲板失去光泽，日久甲板变脆而破损脱落。多呈灰白色，且失去光泽;甲板增厚显著，手脚指甲凹凸不平。其质松碎，甲下常有角蛋白及碎屑沉积。同时还会出现甲板可与甲床分离。手指甲癣多有手足癣史，受累指甲先后起病，轻重程度不一，但要强调的是，最好应做甲屑真菌镜检，以明确诊断。
其次，脚指甲凹凸不平此种病甲表现提示身体内钙质、蛋白质、硫元素的缺乏，这些营养物质可以从蛋类、大蒜中取得，经常食用为好。这种情况建议最好去做个微量元素检查的啊，看是否缺钙导致的现象。
正常的指甲表面是光滑的，如果指甲表面有出现了凹凸不平的情况，预示着本人可能出现健康问题了。引起指甲表面出现点状凹陷一般而言，主要包括有三种原因：一种就是银屑病。银屑病是一种炎性皮肤病，其主要表现是皮肤发红、反复出现多层银白色干燥鳞屑，影响到指甲部位的皮肤细胞，患者从中观察是否这种情况，但出现这种情况并不会是很多。另外一种是甲营养不良，这种表现为甲板变薄，或是出现甲纵纹、甲横纹、凹凸不平小点，严重时出现甲分离，或者表现为甲肥厚、易碎裂、无光泽等。这种情况也不多见，但最终容易病变为灰指甲。
如果指甲上有凹凸不平的症状出现，是灰指甲的可能性就很大，需要及时用药治疗。但需要注意的是，灰指甲要与银屑病引起的甲改变以及甲营养不良的厚甲症等区分开来。患者往往会缺少相关的知识，难以准确分辩，建议及时前往医院进行诊断才能对症治疗。
甲真菌病主要为交叉传染获得，主要预防措施包括避免穿公共拖鞋、足盆、鞋袜等。在当今足疗盛行的情况下注意防止交叉感染。串门时可应用鞋套代替换鞋，在商店试穿新鞋后注意彻底洗脚。自身注意穿透气鞋，避免用公共美甲、修甲器具。不要涂抹劣质指甲油。