根据2005年颁布施行的《疫苗流通和预防接种管理条例》，中国疫苗分为一类疫苗（计划内疫苗）和二类疫苗（计划外疫苗）。
一类疫苗是指政府免费向公民提供，包括国家免疫规划确定的疫苗、省级政府在执行国家免疫规划时增加的疫苗，以及县级以上政府或其卫生行政部门组织的应急接种，或群体性预防接种所使用的疫苗，如乙肝疫苗、麻疹疫苗等，其特点为免费强制接种。二类疫苗是指由公民自费、自愿受种的其他疫苗，如水痘疫苗、流感疫苗等。
对于甲流疫苗归于哪一类，最终国家采纳了卫生部的建议，按照世卫组织标准，把甲流疫苗列为一类和二类疫苗之外的第三类，即“重大公共卫生事件使用的疫苗”。此类疫苗，为公民自愿注射、免费，所有费用由政府承担。
按照财政部方案，甲流疫苗款由中央和地方两级财政配套的方式筹措。按不同地区，中央财政给予的补偿比例也不同：西部地区补助80％，中部地区补偿60％，东部地区如山东、江苏、浙江、上海，则没有中央补助。
由于世界对甲流疫苗需求缺口巨大，目前英美等国疫苗价格多在10-15美元之间，国产疫苗由于受制于国家限制，0.25毫升的40元一支；0.5ML的80 一支 (含器材和接种费)。