目前预防脊髓灰质炎有两种疫苗：口服脊髓灰质炎减毒活疫苗（OPV）和脊髓灰质炎灭活疫苗（IPV）。前者俗称糖丸，由政府提供免费接种；后者需要自费接种，对于口服糖丸有禁忌症、免疫缺陷症、接受免疫抑制剂治疗、患过肛周脓肿的宝宝，建议选择后者。
糖丸是由活的、但致病力降低的病毒制成，由于是活苗，糖丸里的病毒都是有活性的，因此免疫效果比较好，质量也容易控制，对于正常的孩子没有风险。
但是对于免疫系统比较弱或是有缺陷的孩子，活苗就有可能导致本来健康的宝宝反而得上由疫苗引起的小儿麻痹症，导致孩子终身残疾。因此在选择口服糖丸时需详细了解其禁忌症。
脊髓灰质炎灭活疫苗，是通过先进的灭活工艺使病毒完全被杀死，同时保持其抗原性，具有安全性好的优势。灭活疫苗和糖丸相比最大的优势，就是大大减少疫苗相关性麻痹事件的发生，被世界卫生组织称为“最安全的疫苗之一”。
为了减少疫苗相关麻痹病例发生的风险，专家建议，宝宝出生后2足月、3足月分别接种注射脊灰灭活疫苗，4足月和4周岁接种口服脊灰减毒疫苗，或者按程序2足月、3足月、4足月和18足月全程接种脊灰灭活疫苗。