慢性肾炎病程长，治疗难度大且需时长，目前尚无有效的特殊治疗方法。小儿慢性肾炎一般可以通过以下途径治疗：
1、对症治疗，针对感染应合理选用抗高血压和利尿剂药物，选择有效而肾毒性小的抗生素等。不仅要治疗全身性高血压，而且要控制肾小球局部的高血压，即解决其高灌注、高滤过问题。应用卡托普利(巯甲丙脯酸)或其他转换酶抑制药及钙通道阻滞药，延缓病情进展。
2、激素及免疫抑制药治疗，长疗程的泼尼松口服有助于改善临床症状，延缓疾病进展。或甲泼尼龙(甲基泼尼松龙)冲击治疗后继以隔天口服泼尼松1mg/kg。本症还应强调应用抗血小板聚集剂，如双嘧达莫(潘生丁)、小剂量阿司匹林，有延缓肾小球滤过率下降过程的可能。而局灶性节段性硬化患儿，常规激素效应者仅23.1%。若经2周6次冲击尿蛋白无明显改善，或虽部分效应，而后尿蛋白再次增高，则加用环磷酰胺。激素耐药者，环孢素伴用少量激素(30mg/m2隔天)取得一定疗效。
3、抗凝疗法、用肝素抗凝剂、纤溶药物(如，尿激酶、蝮蛇抗栓酶等)和双嘧达莫(潘生丁)等，但目前存在争议。
4、日常治疗。去除感染病灶，避免感染和过度劳累。患儿平时应注意休息，保持低盐、低蛋白饮食，避免使用肾毒性药物。肾功能不全切忌摄入过量蛋白，过量蛋白不仅增加肾排泄含氮代谢物的负担，加重氮质血症，还会导致肾小球局部血流动力学改变，加重和加速肾小球的硬化过程。因此患儿因保持低蛋白饮食，或加用必需氨基酸或酮酸(每天1.25-1.6g/418kJ(1.25-1.6g/100kcal))。同时注意低磷和摄入优质动物蛋白。