在生理上，孕激素的主要作用有：
1、使子宫肌肉松弛，活动能力降低，对外界刺激的反应能力低落，降低妊娠子宫对催产素的敏感性，这种变化，非常有利于孕卵在子宫腔内生长发育，而不至于出现问题；
2、孕激素使增生期子宫内膜转化为分泌期内膜，为受精卵着床作好准备；
3、孕激素使子宫颈口闭合，粘液减少，变稠，拉丝度降低；
4、抑制输卵管肌肉节律性收缩的振幅；
5、孕激素使阴道上皮细胞脱落加快；
6、在雌激素影响的基础上，促进乳腺腺泡的发育；
7、通过对丘脑下部的负反馈作用，影响脑垂体促性腺激素的分泌；
8、孕激素还能通过中枢神经系统起到升温作用，正常妇女在排卵后基础体温可升高0.3℃—0.5℃，这种基础体温的改变，可以作为排卵的重要指标，也即排卵前基础体温低，排卵后由于孕激素作用基础体温升高；
9、孕激素在新陈代谢方面能促进水与钠的排泄。
从以上的功能可以看出，雌激素的作用主要是促使女性生殖器官和乳房的发育，而孕激素则是在雌激素作用的基础上，进一步促进它们的发育，为妊娠准备条件，两者之间具有协同作用；另一方面，从子宫的收缩，输卵管的蠕动，子宫颈粘液的变化，阴道上皮细胞角化和脱落，以及钠和水的排泄等方面来看，雌激素与孕激素又有拮抗作用。